Алекс Мерсер и Джеймс Хеллер способны поглощать своих врагов, в этом случае они впитывают в себя их биомассу и ДНК. При поглощении неинфицированного человека Прототип может использовать его образ для дальнейшей маскировки. В этом случае сохраняется голос, внешность и другие особенности поведения жертвы. Помимо облика при поглощении Прототипу достается генетическая память человека, что позволяет Мерсеру и Хеллеру использовать без специального обучения различное оружие и транспортные средства, а также открывает доступ к некоторым секретным данным.
Поглощение вражеской биомассы способствует и восстановлению здоровья. При этом количество полученного здоровья напрямую зависит от размера и типа поглощаемого противника. Так прежде чем поглотить охотника, необходимо ослабить уровень его защиты, в то время как людей можно поглощать сразу. А некоторые враги, например, гидры и суперсолдаты, имеют иммунитет к поглощению.
Улучшенная версия способности, названная «Скрытное поглощение», позволяет незаметно поглощать противников за меньший отрезок времени. Однако она действует только на людей и лишь когда Алекса Мерсера и Джеймса Хеллера не видят военные.
