Это основная защитная способность, позволяющая менять свой внешний облик. В распоряжении Прототипа находится образ Алекса Мерсера (и, соответственно, Джеймса Хеллера) и образ последнего поглощенного человека. Маскировка позволяет оторваться от преследователей, а так же дает инфицированному возможность свободно передвигаться по военным базам. Однако на многих базах установлены датчики вируса, которые способны раскрыть маскировку. Так же подобные датчики присутствуют в обмундировании суперсолдат.
Замаскировавшись под военного, носитель вируса может угонять военную технику, не привлекая к себе внимания. Помимо этого, если Прототип замаскирован под офицера, то находящиеся рядом солдаты будут сражаться на его стороне против зараженных. Однако, находясь в режиме маскировки, ни Алекс Мерсер, ни Джеймс Хеллер не могут использовать другие защитные и атакующие способности, поскольку применение любых умений разрушит маскировку.
